הפועל ירושלים אשר ידועה כאחת קבוצות הכדורסל החזקות ביותר בארץ מאז אמצע שנות התשעים בעיקר מאז זכתה בגביע המדינה בשנת 1996, תואר אשר הצליחה לשמר גם שנה מאוחר יותר.
לאור העובדה שהיא הצליחה לשמור על תואר מחזיקת גביע המדינה בכדורסל היא הצליחה לבסס את מעמדה כקבוצה חזקה מאוד, אך תמיד הייתה בצילה של מכבי תל אביב אשר נחשבה לקבוצה החזקה ביותר בארץ.
תודות לשחקנים מוכשרים כמו עדי גורדון, פפי תורג'מן, דורון שפע, אשר שלושתם נחשבו לאגדות חיות באולם הכדורסל "מלחה" ביחד עם נוריס קולמן ובילי תומפסון הצליחו לעורר עניין רב כאשר לקחו שנתיים ברציפות את גביע המדינה ורבים חשבו כי הקבוצה הקיימת אכן יכולה לאיים על שלטון היחיד של מכבי תל אביב בכדורסל הישראלי.
עם משקיעים כמו דני קליין ונחום מנבר שפתחו את הארנק והביאו ישראלים בכירים לצד זרים איכותיים היה ריח של משהו חדש בכדוסל הישראלי.
עונה לאחר מכן המשיכה הפועל ירושלים להתחזק כאשר צירפו מספר שחקנים בכירים כמו ראדיסאב צורצ'יץ', דרק המילטון ואייץ' וולדמן כאשר מאמן אותה אפי בירנבוים, סיימה הפועל ירושלים את העונה הסדירה במקום הראשון בליגה אך הפסידה באותה עונה בגמר הפלייאוף למכבי תל אביב.
בשנת 2004, כאשר שרון דרוקר מאמן את הקבוצה זכתה הפועל ירושלים בגביע יול"ב, אשר נחשב למפעל השני בחשיבותו באירופה, כאשר היא מנצחת בגמר לא אחרת מאשר ריאל מדריד הגדולה, ושוב הייתה הרגשה שאולי הרוחות ינשבו בכיוון של ירושלים, אך למרות סגל מלא שחקנים מוכשרים כמו דורון שפר, משה מזרחי, טונג'י אוונג'ובי וקלי מקארתי לא הצליחה ירושלים לקטוף את תואר האליפות ואף לא לזכות בגביע המדינה
בשנת 2005 ארקדי גאידמק החליט להשקיע בהפועל ירושלים והזרים כספים רבים לקבוצה, דבר שהניב פירות שנתיים לאחר מכן כאשר הפועל ירושלים זוכה שוב בגביע המדינה שנתיים ברצף.
עד שנת 2013 דשדשה הפועל ירושלים בין מרכז הטבלה לצמרת, אך כניסתו של הבעלים החדש אורי אלון, הביאה עימו שאיפות חדשות למועדון אשר עבר באותה עת עבר לשחק בארנה בירושלים, שחקנים משמעותיים חתמו במועדון כמו ליאור אליהו, יותם הלפרין ואחרים, ותחת הנהגתו של המאמן דני פרנקו זכתה הפועל ירושלים באליפות המדינה בכדורסל בפעם הראשונה בתולדותיה בשנת 2015.
